Протопоповский сельский Совет рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов и его исполнительный комитет Спасской волости Томского уезда Томской губернии был образован в 1920 году (более точной даты на основании сохранившихся в архиве документов установить не удалось).

С сентября 1924 года входил в состав Спасской укрупненной волости, которая была переименована в Коларовский (Томский район Томского уезда Томской губернии). С 25.05.1925 г. — в состав Томского окурга Сибирского края, а с 20.06.1930 г. — в состав Томского района Томского округа Сибирского края, с 30.07.1930 г. в состав Томского района Западно-Сибирского края, с 10.04.1933 г. в состав сельской местности Томского горсовета Западно-Сибирского края, с 28.09.1937 г. — в состав Новосибирской области, с 22.02.1939 г. — в состав Томского района Новосибирской области, с 13.08.1944 г. — в состав Томского района Томской области.

Согласно Конституции СССР 1936 года Советы рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов были переименованы в Советы депутатов трудящихся. Новое наименование было введено в практику после проведения выборов в Советы в декабре 1939 года.

На основании Конституции СССР 1977 года Советы депутатов трудящихся были переименованы в Советы народных депутатов.

С момента образования центр Протопоповского сельского Совета находился в с. Б. Протопопово. На основании решения Томского облисполкома № 328 от 29.12.1976 года центр был перенесен в п. Мирный.

В результате этого Протопоповский сельский Совет был переименован в Мирненский сельский совет.

В состав сельского Совета входили 5 населенных пунктов: д. Б. Протопопово, д. М. Протопопово, д. Плотниково, п. Мирный, д. Трубочево. На его территории расположены следующие учреждения и организации: совхоз «Заварзино», Питомник РСУ зеленстроя, спортивный лагерь «Юность», пионерский лагерь «Восход», мехлесхоз.

Сельский Совет был низовым органом единой системы советов. Руководящим органом государственной власти на подведомственной ему территории.

При сельсовете созданы постоянно действующие депутатские комиссии по различным видам деятельности.

В ведении сельсовета находятся все вопросы экономической, социально-бытовой и культурной жизни граждан, населяющих территорию сельского Совета. Исполком являлся исполнительным органом Совета.

В целях укрепления народовластия, обеспечения реформы местного самоуправления в Российской Федерации, Указом Президента N 1760 от 26.10.1993 года деятельность городских и районных Советов народных депутатов прекращена, а функции возложены на администрации.

Мирненский сельский Совет прекратил свою деятельность 26 октября 1993 года и его функции переданы Мирненской сельской администрации.

Мирненский сельская администрация прекратила свою деятельность 18 июня 1997 года, и её функции переданы Администрации Мирненского сельского округа.

Администрация Мирненского сельского округа прекратила свою деятельность 16 января 2001 года, и её функции переданы Администрации Мирненского сельского округа Муниципального образования «Томский район».